R4与R99版本比较，在无线接入网的网络结构方面无明显变化，最重要的一点是增加了对于TD－SCDMA（1.28Mcps）的支持，还增加了一些接口协议，引入了直放站，增加了Node B同步，规定了Iu上RAB的QoS协商等，着重在网络覆盖、无线资源管理效率和QoS保证等方面进行了功能增加。
在核心网方面，R4版本在电路域引入了软交换的概念，将原来的MSC分离成为MSC Server和媒体网关MGW，实现控制和承载分开。电路域采用了分组传输网络，话音传输可以通过MGW在IP网络、ATM上传送分组的话音和信令。编解码转换有可能只需在PSTN的公网网关上实现，同时提高了核心网传输资源的利用率。承载层面负责完成各种媒体流的传输、转换等，控制层面完成呼叫控制、业务流程处理以及通过标准API与各种业务服务器连接。
R4版本在技术上优于R99版本。R4版本的技术先进性表现为以下几点。
1． R4版本采用了统一的话音承载和其他优化网络技术
首先，原有的以TDM为中心的交换节点演进为分布式分组话音体系。由于语音可以通过分组进行承载，减少了TDM转换，形成了统一的承载方式，所以减少了语音分组的时延，提高了话音质量。
其他优化网络的技术包括引入了直放站，优化了网络覆盖的方式，增加了无线接入承载的QoS协商，从而保证了通信质量。
2． R4的网络结构有利于未来的技术演进，保护运营商投资
R4拥有基于分组结构的核心网，符合未来演进方向。R4版本是全IP解决方案的初步阶段，从3GPP现有的规范来看，R4、R5和R6的网络结构模型是相似的，而R4版本是面向将来网络结构的第一阶段，R4便于向R5版本演进。基于R5版本的IP多媒体核心网子系统（IMS）可以叠加到改进的R4核心网上。
3． 软交换结构的优势
通过OSA和软交换结构，R4网络可以方便地植入第三方业务，完善价值链体系，对于未来移动业务的开展极具吸引力，也方便了未来3G网络与NGN的融合，实现移动网络和固话网络的结合。
4． R4的组网灵活性
由于电路域控制和承载分离，R4网络MSC Server和MGW的位置设置灵活，可分布、集中设置，形成扁平化网络结构，在组网方面可以降低建网和运维成本。由于R4支持TDM、IP和ATM的组网方式，本地网和骨干网搭配灵活，最大程度调配运营商现有资源，并兼顾未来发展。
长期来看，R4版本占据更大优势
1．R4版本走向成熟并代表未来网络的发展方向
从以上技术成熟度比较可以看出：尽管现阶段R99的商用经验和测试经验要高于R4，但是R4代表了未来系统的演进方向。
曾经有人认为R99是稳定的版本，R4是一个过渡版本，存在未来直接引入R5的可能性。但是由于3G技术发展的速度超出预期以及预测中国WCDMA商用时间的推后，R4版本已经吸引了越来越多的注意。根据现有厂商对于R4版本的关注程度以及技术发展速度，可以预计到2004年，WCDMA系统的R4版本会成为主流技术版本。
R99还是R4会大规模商用，运营商决策者的风险意识会起到决定性作用，是采用最成熟的技术，确保成功走出第一步？还是展望未来，选择最先进的技术，为将来市场竞争力的提高打下基础？这是个摆在移动运营商面前的问题，抉择并非容易。不过，幸好还有另外一个因素，可以使决策者并非骑虎难下，那就是时间。
2．决定R99还是R4的关键因素是时间
国内运营商决定采用WCDMA技术的关键是时间，也就是R4版本能否在规模商用前标准固定，技术成熟，并形成多厂商供货环境，靠的只有时间了。新进入移动市场的运营商，如果在2004年初或以后开始筹划WCDMA网络建设，R4版本将会是首选。
曾经有观点认为原有的GSM/GPRS移动运营商会选择R99版本，这样将节约投资。但是越来越多的技术人员指出，如果采用2G核心网向3G升级的方式，网络性能并不能达到理想的状态，分析人员从以下几个角度探讨了2G升级到3G的情况：对于现阶段投资成本的节约，对于网络性能的影响以及未来网络演进的不平滑等。
人们发现R99升级的方式并不是有利无弊，其利弊的权衡也非轻易。如果运营商决定重叠建网的话，为什么不选R4版本呢？因为它技术更加先进，演进也更加平滑。
通过以上几个方面的比较，可以发现R4版本比R99版本具有显著优势。从现阶段中国的3G市场情况来看，时间是决定技术版本的重要因素。长期来看，R4版本的WCDMA系统拥有先进的技术保证，可以更好地实现3G业务，通过面向未来的平滑演进，可以更大程度地节约运营商投资。所以R4版本更能满足运营商的需求，提高运营商未来的竞争力。建议国内的运营商在WCDMA技术版本的选择对R4给予充分的考虑。
